當被測物質與弱極性色譜柱固定液的極性之間存在較大差異而手中又無適宜的色譜柱時，在有些情況下是可以通過使用化學結構與極性盡可能與被測物質接近的色譜柱、合理的樣品處理、選用色譜條件、采用程序升溫等措施達到較好分離的目的。
 

　　要做合適的選擇，必須對弱極性色譜柱有一定的認識和了解：
 

　　柱長，內徑，如250*4.6mm。一般柱長在2-250mm，柱越長，分離度越高，但柱壓更高，分離所需時間更長;但分離度與理論塔板數的平方根成正比，所以一昧增加柱長并不是有效的分離手段，一般情況下，150mm、5um的填料可以提供足夠的塔板數。
 

　　粒徑，影響色譜分離度。粒徑越小，分離越快，柱效越高，但柱壓力越高，柱容易被污染，導致柱壽命降低。常見分析柱通常使用5um填料，復雜的多組分樣品分離一般使用3.5um粒徑，更大內徑的制備色譜柱通常使用更大的粒徑。如果固定相選擇是正確，但是分離度不夠，那么選用更小的粒度的填料是很有用的。3.5um填料填充柱的柱效比相同條件下的5um填料的柱效提高近30%;然而，3.5um的色譜柱的背壓卻是5um的2倍，因此如何選擇填料粒徑需要根據現實情況而定。
 

　　孔徑，60A，100A，120A，300A等。孔徑小，則含孔率高，比表面積大，載碳量高;色譜柱填料孔徑大小需和分子大小相匹配，保證分子自由進出填料孔并與孔內表面的鍵合相進行分離分配，通常要求孔徑直徑是分子直徑的3倍以上，一般小分子使用80-120A，大分子使用300A。
 

　　顆粒形狀，一般有球形和不規則形，當使用黏度較大的流動相時，球形顆粒可以降低柱壓，延長色譜柱壽命。
 

　　比表面積，指的是每克填料的表面積，如180m2/g-350m2/g，與粒度和含孔率有關；比表面積大，會增加樣品與鍵合相之間的反應，增加保留和分離度；比表面積小則可以縮短分析時間和平衡時間，并不是比表面積大或者小就更好，需要選擇合適的比表面積。